Археологам довелось обнаружить ранее неизведанную гробницу одного из египетских богов, [character=12142]Анубиса[/character], который после этого воскрес из многовекового сна, чтобы одолеть [character=1375]Фараона[/character]. Тем временем закончился Баттл-Сити — турнир, устроенный [character=1378]Сэто Кайбой[/character], чтобы заполучить карты трёх всесильных богов, и теперь [character=1374]Юги[/character], одержавший победу в турнире, стал известен во всём мире. Также [character=1378]Сэто[/character] узнаёт, что у [character=5991]Пегаса[/character] есть карта, способная одолеть трёх богов и немедленно отправляется в Королевство дуэлянтов, чтобы забрать карту. Однако эта карта приносит лишь беды, поскольку является воплощением тьмы, созданным [character=12142]Анубисом[/character].